Iss: rapporto sulle varianti di Sars-CoV-2 in Italia

È on line il quinto rapporto “Prevalenza e distribuzione delle varianti di Sars-CoV-2 di interesse per la sanità pubblica in Italia”, a cura dell’Iss. Il bollettino descrive i dati sulle varianti del virus Sars-CoV-2 circolanti in Italia, provenienti dal Sistema di sorveglianza integrata Covid-19 coordinato dall’Iss (periodo 28 dicembre 2020 – 19 luglio 2021) e dalla piattaforma open-source per la sorveglianza genomica delle varianti di Sars-CoV-2 chiamata “I-Co-Gen” (Italian Covid-19 Genomic), sviluppata dall’Iss e attiva dal 29 aprile 2021.

Dati principali

  • negli ultimi 45 giorni (5 giugno – 19 luglio 2021), sono stati segnalati al Sistema di sorveglianza integrata Covid-19 un totale di 4.958 casi di infezione da Sars-CoV-2 con genotipizzazione e sequenziamento:
    - nel mese di giugno 2021 il 9,3% dei tamponi relativi a nuovi casi di infezione confermata da virus Sars-CoV-2 riportati al Sistema di                 sorveglianza integrata Covid-19 sono stati genotipizzati e sequenziati. Questa percentuale è in netto aumento rispetto a quella del mese di maggio 2021, data in cui risultavano genotipizzati e sequenziati il 3,1% dei campioni positivi 
    - in questo periodo di riferimento, per la prima volta, il numero di segnalazioni di casi causati dalla variante delta (lignaggio B.1.617.2) in Italia (n=2279, 46%) ha superato quelli causati dalla variante alfa (lignaggio B.1.1.7). Si riscontrano casi di infezione causati dalla variante delta in tutte le fasce di età, con una percentuale maggiore di casi in soggetti di età compresa tra i 10 ed i 29 anni
    - la frequenza e diffusione di casi causati dalla variante alfa è in diminuzione. Negli ultimi 45 giorni, ha rappresentato la seconda variante più frequente per numero di segnalazioni (n=1747, 35%) rimanendo, tuttavia, la variante più diffusa geograficamente, con almeno un caso di infezione riportato in 87 provincie italiane.
  • la variante gamma (lignaggio P.1) mostra un andamento relativamente stazionario nel periodo di riferimento, con una diffusione maggiore in alcune Regioni e PPAA italiane
  • dal 29 aprile 2021 è attiva la piattaforma per la sorveglianza genomica delle varianti di Sars-CoV-2 (I-Co-Gen), sviluppata e coordinata dall’Iss. La piattaforma consente di raccogliere ed analizzare le sequenze identificate sul territorio nazionale e dialogare con le piattaforme internazionali:
    - il modulo, dedicato all'analisi e condivisione dei dati di sequenziamento del Sars-CoV-2 a livello nazionale, conta ad oggi più di 9.000 sequenze
    - nell’ambito della piattaforma sono stati identificati oltre 70 lignaggi che, ad oggi, non sono ancora oggetto di monitoraggio da parte del Sistema di sorveglianza integrata
    - I-Co-Gen ha evidenziato la prevalenza della variante delta (78% circa dei casi totali sequenziati) nel mese di luglio (dati al 19 luglio 2021) con un andamento settimanale in crescita nello stesso mese
    - fra i lignaggi non oggetto di monitoraggio da parte del Sistema di sorveglianza integrata Covid-19, ed identificati in I-Co-Gen, il 13% circa è rappresentato da Vum (Variant under Monitoring), mentre il 5% da Voi (Variant of Interest)
    - è importante evidenziare il riscontro nella piattaforma I-Co-Gen di una sequenza di lignaggio AY.1. Si tratta di una nuova versione della variante Delta, caratterizzata dalla presenza di una mutazione aggiuntiva la K417N nella proteina spike, considerata di interesse per la possibile capacità di evasione immunitaria
    - è necessario continuare a monitorare con attenzione anche la circolazione delle varianti di Sars-CoV-2 di altro lignaggio, anche per monitorare ogni eventuale impatto sulla loro trasmissibilità, patogenicità e immunoevasione.

Conclusioni:

  • il numero di nuovi casi di infezione causati dalla variante delta di Sars-CoV-2 segnalati al sistema di sorveglianza negli ultimi 45 giorni ha superato per la prima volta il numero di casi causati dalla variante alfa, che pertanto non è più la variante prevalente sul territorio nazionale sebbene rimanga geograficamente la più diffusa
  • questa osservazione era attesa ed è in linea con quanto osservato in altri paesi europei. La variante delta è caratterizzata da una maggiore trasmissibilità rispetto alla variante alfa e risulta associata ad un elevato rischio di infezione negli individui parzialmente vaccinati o non vaccinati
  • è necessario continuare a monitorare con grande attenzione la circolazione delle varianti di Sars-CoV-2 ed in particolare la presenza di mutazioni riconducibili ad una maggiore trasmissibilità e/o associate ad un potenziale capacità di evadere la risposta del sistema immunitario.

Il presente rapporto evidenzia come il numero di casi genotipizzati aumenti in coincidenza con le indagini rapide di prevalenza, realizzate a partire dal mese di febbraio 2021 dall’Iss in collaborazione con la Fondazione Bruno Kessler, il ministero della Salute, le Regioni e PPAA (indagine più recente del 22 giugno 2021).

Nell’ambito delle attività di sorveglianza microbiologica per Covid-19 si è reso necessario monitorare la circolazione di varianti di interesse in sanità pubblica e in rapida diffusione nel nostro Paese. I dati riportati dalle Regioni e PPAA sono elaborati dall’Iss integrando i dati microbiologici ed epidemiologici, relativamente alle segnalazioni delle varianti di Sars-CoV-2 sotto sorveglianza.
La lista delle varianti è continuamente aggiornata man mano che vengono riconosciute nuove varianti di interesse per la sanità pubblica denominate Variants of Concern (Voc), Variants of Interest (Voi) e Variants under Monitoring (https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern).

Attualmente la classificazione delle varianti di Sars-CoV-2 in vigore è la seguente (https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/, aggiornamento del 6 luglio):

Varianti preoccupanti per la sanità pubblica (Variants of Concern - Voc)

  • Alfa B.1.1.7
  • Beta B.1.351
  • Delta B.1.617.2

Varianti di interesse per la sanità pubblica (Variants of Interest - Voi)

  • Eta B.1.525
  • Kappa
  • B.1.617.1
  • Lambda C.37

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Ultimo aggiornamento:
28 luglio 2021